정원박람회가 끝난 이후인 2014년부터 순천만정원을 대행 관리해 왔던 순천시가 대행업체에 지원한 예산을 주먹구구식으로 운영해왔던 것이 뒤늦게 밝혀졌다. 2014회계년도 결산검사 과정에 잦은 예산변경은 물론 대행관리비를 운영비와 민간위탁금으로 이중 편성하는 등의 문제점이 드러난 것이다.

순천시는 2014년 4월 옛 정원박람회장을 순천만정원으로 이름을 바꿔 재개장하면서 순천시가 직접 운영할 계획이었다. 이를 위해 2014년 예산을 편성할 때 3억 원의 예산을 사무관리비로 편성하였다. 그런데 2014년 1월 28일 애초의 직영관리 계획에서 민간업체에 맡겨 대행 관리키로 하면서 사무관리비로 편성해 두었던 3억 원의 예산을 행사 운영비로 변경했다. 그리고 3월 17일에는 (주)KBS미디어와 19억 9204만 원에 운영계약을 체결했다. 사후에 원가를 검토하여 조정하는 조건부 방식의 계약이었다.

예산도 확보하지 않고, 계약부터 체결했던 순천시는 2014년 8월에 있었던 2014년 제1회 추가경정예산안에 민간위탁금으로 14억 9204만 원을 확보했다. (주)KBS미디어와 대행관리계약을 체결하면서 부족한 금액을 추가로 확보한 것이다. 그런데 2014년 10월에 (주)KBS미디어와 계약금액을 20억 4145만 원으로 변경하면서 또 예산이 부족하자 이번에는 11월 10일 국제습지센터 운영관리비 중 민간위탁금으로 확보해 두었던 예산 4940만 원을 (주)KBS미디어에 추가로 지원하고, 2015년 2월 26일에 (주)KBS미디어와 정산을 거쳐 7000원을 반납 받았다.

이와 관련해 결산검사위원회는 “예산 변경제도는 재정운영의 효율성을 높이기 위한 것으로 극히 제한적으로 활용하여야 함에도 단일 사업을 하면서 두 번이나 예산을 변경한 것은 문제”라고 지적했다. 그리고 “단일 사업을 하면서 예산편성 과목 중 행사운영비와 민간위탁금이라는 두 가지 과목에서 예산을 운영한 것 역시 문제”라며 “재발방지에 만전을 기하라”고 촉구했다.

순천만정원 대행관리에 있어 계약과 예산집행 과정에 문제점이 지적되고 있는 순천시는 2013년 정원박람회 개최 기간에도 (주)KBS미디어 컨소시엄과 대행관리 계약을 통해 운영을 맡긴 적이 있다. 그런데 정원박람회가 열리는 2013년에도 종사자 식당 운영업체를 선정하면서 1억 원의 시설비를 들여 조성한 식당을 운영자에게 무료로 임대해주고, 하루 수백 명의 고정 고객에게 식판으로 단체급식을 하면서 밥값도 지나치게 비싸게 받아 특혜성 계약이라는 지적을 받은 바 있다.